Durch die Arbeit von landwirtschaftlichen Betrieben, einerseits bei der Bewirtschaftung von Äckern und Grünland und andererseits durch die Bauten und Einrichtungen mit Hofdüngeranfall und -lagerung, dürfen keine Gewässer gefährdet werden.

Das ALG ist im Kanton Graubünden für den Vollzug des Gewässerschutzes in der Landwirtschaft für die direktzahlungsberechtigten Betriebe zuständig. Dieser erfolgt in enger Zusammenarbeit mit der kantonalen Gewässerschutz-Fachstelle, dem Amt für Natur und Umwelt (ANU). Details zum Gewässerschutz sind in der kantonalen Vollzugshilfe Gewässerschutz in der Landwirtschaft Graubünden und in der Vollzugshilfe baulicher Umweltschutz in der Landwirtschaft vom BAFU ersichtlich.