Le attività agricole, in particolare la gestione di terreni arabili e prati e degli impianti di stoccaggio del concime aziendale, non devono compromettere la qualità dell'acqua.

Nel Cantone dei Grigioni, l'UAG è responsabile per l'esecuzione della protezione delle acque nell'agricoltura per le aziende aventi diritto a pagamenti diretti. Questo avviene in stretta collaborazione con il servizio cantonale di protezione delle acque dell'Ufficio per la natura e l'ambiente (UNA). Dettagli in merito alla protezione delle acque sono disponibili nell'aiuto all'esecuzione Protezione delle acque nell'agricoltura dei Grigioni e nell'aiuto all'esecuzione Costruzioni rurali e protezione dell'ambiente dell'UFAM.